Pojam DNA kompjuteri nastao je pre oko 10 godina, kada je Leonard Adleman sa Univerziteta Južne Kalifornije počeo da koristi molekule DNA (dezoksiribonukleinske kiseline) u epruveti kako bi rešavao matematičke probleme.
Genetika je otkrila da u našem organizmu postoje "kompjuteri" mnogo savršeniji od onih koji su trenutno u upotrebi: dezoksiribonukleinska kiselina, koja ima primarnu genetičku ulogu, po jednom kubnom centimetru sadrži više informacija nego bilion CD-ova. "Molekularne mašine" koje postoje u našem organizmu, a koje obrađuju ove podatke, postale su centar interesovanja nove naučne dicipline, u kojoj se kombinuju kompjuterske nauke i biologija.
U novembru 2001. godine su u časopisu Nature objavljeni rezultati istraživanja izraelskih naučnika, na čijem se čelu nalazi profesor Ehud Šapiro, a koji su uspeli da proizvedu DNA kompjuter. Dimenzije ovakve mašine su toliko male, da njih bilion može da stane u običnu epruvetu, pri čemu mogu da izvode milijardu operacija u sekundi sa preciznošću od 99,8%. Kompjuteri su napravljeni od biomolekula i toliko su malih dimenzija da je nemoguće da rade zasebno, već isključivo u velikim "kolonijama". Prema rečima vođe projekta, podaci u ovakvim kompjuterima definisani su parom molekula u lancu DNA, a prirodni enzimi služe kao hardver, tj. čitaju, kopiraju i koriste te informacije.
Ehud Šapiro je tada napomenuo da još uvek nije moguće praviti originalne DNA kompjutere primenjujući prirodne zakone i principe funkcionisanja, ali je izvodivo da se iz živih organizama izdvajaju grupe molekula koje, smeštene u epruvetu, čine jednu vrstu "softvera" i "hardvera" koji može da izvodi najjednostavnije operacije, tj. da na određena pitanja odgovara sa "da" ili "ne". Ipak, samo nekoliko meseci posle članka u pomenutom časopisu i izjave izraelskog naučnika, dolazi vest o prvom komercijalnom DNA kompjuteru, koji je proizvela japanska kompanija Olympus Optical.
Za razliku od sadašnje tehnologije, nova vrsta kompjutera umesto mikroprocesora i električnih impulsa za svoj rad koristi hemijske reakcije koje nastaju između molekula DNA. Predstavljen prototip japanske kompanije nastao je udruživanjem snaga sa Univerzitetom u Tokiju, jer je bilo potrebno povezati znanja iz oblasti informatike i molekularne biologije. Pre svega namenjen analizi gena, DNA kompjuter će biti testiran i usavršavan do 2003. godine, kada će se naći na tržištu.